Предприятие было образовано в виде опытного завода в апреле 1951 года для удовлетворения потребности в новых технических средствах службы обеспечения специальной связи.
Начав с изготовления специальной контрольно-измерительной аппаратуры, счетно-аналитической техники, ремонта спецтехники, экспериментальных работ, завод быстро перешел на производство, а с 1962 г. после создания на его базе ОКБ-8 - на разработку и производство специальных устройств и комплексов.
В течение 60-х, 70-х, 80-х годов ОКБ-8 (затем ЭКБ, в 1978 г. - НИИЭТ) был проведен в интересах Генерального заказчика ряд научно-исследовательских работ, удостоенных Государственной премии СССР, были выпущены десятки опытных партий аппаратуры. За заслуги в создании новой техники в 1981 г. предприятие было награждено Орденом Трудового Красного Знамени.
К концу 80-х годов была завершена разработка высокоэффективных комплексов и уникальных систем, не имеющих аналогов как у нас в стране, так и за рубежом. Предприятие стало крупной научно - исследовательской организацией, одной из передовых в отрасли.
С 1992г. институт переименовывается Научно-технический центр и начинается новый этап в жизни коллектива. В короткие сроки было освоено и развилось новое направление - создание защищенных информационно-телекоммуникационных систем и его составных элементов.
По данному направлению в Центре были развернуты соответствующие работы, для чего были созданы коллективы из высококвалифицированных разработчиков.
За последние годы НТЦ “Атлас” завершил ряд больших работ, среди которых:
- Создание и модернизация информационно-телекоммуникационные системы в Государственной Думе и Совете Федераций Российской Федерации.
- Создание и модернизация информационно-телекоммуникационные системы в Счетной Палате РФ, Верховном Суде РФ, Конституционном Суде РФ, Федеральном казначействе РФ, Министерстве финансов РФ.
- Создание Ситуационного центра Президента Российской Федерации. Создание системы защищенного электронного документооборота в Правительстве Российской Федерации.
- В рамках проведения работ по созданию защищенных локальных систем в министерствах и ведомствах создано и сдано в эксплуатацию около 20 объектов.
В 2004 году ФГУП «НТЦ «Атлас» было переименовано в Федеральное государственное унитарное предприятие «Научно-технический центр «Атлас» ФСБ России".
В ноябре 2006 года Распоряжением Правительства Российской Федерации ФГУП "НТЦ "Атлас" ФСБ России" передано в Федеральное агентство по промышленности и переименовано в Федеральное государственное унитарное предприятие "Научно-технический центр "Атлас".